《合金战士：特种部队》是一款未来派战术射击游戏，同样采用“合金战士”引擎，游戏设定在未来，那时人类联合成为一个统一的联盟，开始向外星开拓，寻找天然资源和生存空间。但是联盟的首脑无意于扩张，所以限制扩张派的行动，并以土地相利诱。但是一些组织还是在一个又一个吞并星球。联盟已经无法控制局面，宇宙陷入一片混乱。人类不可避免地陷入混乱状态，联盟的首脑们接连被恐怖组织的改良基因的杀手杀死。
根据调查，这种改良基因来自一个恐怖组织的科学实验室，玩家将扮演联盟的精英快速反应部队的一员，这个部队装备有当前最先进的武器，是联盟为了控制局势、消灭恐怖组织而组建的部队。这支特种部队的敌人就是恐怖组织的改良基因杀手。
《合金战士：特种部队》只能在XP系统上运行，WIN7系统无法运行,WIN7玩家请勿下载。
