《名侦探柯南：来自过去的前奏曲》把过去和现在两段时间联系在一起。奇怪事件也接连不断地发生，原本已经解决的案件却再次浮出谜团，变成了新的案件。服部平次和工藤新一也将向事件一同发出挑战，解开谜团！怪盗基德也突然出现。而江户川柯南产生了不好的预感，把不现身的社长、虚假的预告书、克娄巴特拉的眼泪这些案件的线索连接在一起，发现了案件中隐藏的不为人知的谜团。而毛利小五郎却被怀疑是新案件的凶手，当大家都把矛头指像毛利小五郎的时候，侦探们站了出来指认出了真正的凶手，还毛利小五郎一个清白……
