卡门和朱尼又一次来拯救世界，这次是3d的世界。一个邪恶的发明家（应该叫程序员）制作了一个吞噬游戏者的线上游戏，一旦游戏运行，各地的孩子都会被强迫卷入进行游戏。卡门和朱尼进入这个游戏，发现由各种孩子门常玩的游戏的镜像组成的游戏关卡。
在《非常小特务3D：游戏结束》中，将通过3个不同的游戏体验真实的小特工生活。孩子们将利用先进的间谍装置和机智的反应揭开最终的秘密。在头两个游戏中卡门和朱尼要并肩作战对付大量的怪物，第三个游戏中要与朋友竞争，特工对特工，去对付一种病毒。游戏需要一定的特工技巧和一点点运气。
